(一)监管缺陷
这样就出现了一个问题，在业绩评价、合同批准、费用批准、基金单位的定价、以及监督投资组合管理和合规性等问题的实际操作中，失去了能真正代表基金这个主体的权利机构。在基金运作链的顶层缺失了权力组织。出现了基金管理公司既当“裁判员”，又当“运动员”的现象，或者由同为“运动员”的托管银行来行使部分裁判员的职权。
在日常基金运作中，对外代表基金主体资格的机构一直是基金管理公司。在成熟的基金市场中，如果基金以公司的形式设立就有董事，如果基金以商业信托的形式设立就有信托人。在实践中他们是完全相同的组织，基金业内使用这二个词的意思也是相同的，而基金管理人和基金托管人被视为向基金提供服务的机构，由信托人授权其一定的服务范围和权限，向投资基金提供一项或者多项服务。当然在金融外包业务以及金融机构分工不那么发达的我国，为基金提供主要服务(包括前台的投资，金融产品设计，以及后台的清算，过户，信息披露等)还是基金管理公司，但承包的业务多却不能掩饰，基金管理公司只是一个服务者的角色，不是代表基金的组织，更不是实际的基金主体，而真正能代表基金主体的组织正是基金信托人，或者是公司制下的基金董事。这正是我国现有的投资基金内控机制上的重大缺陷所在，而且是位于整个基金风险管理以及运行顶端的缺失。
现实的种种现象表明，我国的证券投资基金正进一步的被人们混同为证券基金管理公司，同时，证券基金管理公司的董事会正在我国现有法律框架下，行使着本应由基金信托委员会或者基金董事所拥有的权利。
基金信托人与基金管理公司董事会的混淆，从简单的法人治理结构来看，证券投资基金管理公司的董事会是由证券投资基金管理的公司股东授权，代表着证券投资基金管理公司股东的利益，而并不代表份额持有人的利益，更不是由份额持有人授权成立的，管理人只要按照信托合同，克尽职守，尽勤勉之义务即可，这也是信托合同的本质。由管理公司的董事会来做出业务选择以及投资基金各个运作模块的监督显然是不合理的。让同为基金服务机构的管理人和托管人互相监督这样的制度更加显得苍白无力。故亟需使基金信托委员会(基金董事)和基金管理公司董事会职能权限进行明确的划分。而这样的划分在法理上是显而易见的。这样划分的前提是建立信托人制度。
(二)费用列支项目以及外包业务选择上的缺陷
在我国现实的基金运作中，即便基金的某些业务已经从管理人处剥离出来，外包给别的企业来进行，也是由管理人所指定的，这大大减少了金融分工对于金融风险控制的作用，而国外成功的经验显示，基金业务的外包都是由信托人作为基金主体进行公开招标，由费用较低，服务质量较高的机构来承揽。这样极大的保护了基金份额持有人的利益，因为《基金法》规定，基金管理过程中的费用是由基金资产承担，从基金资产中列支，费用的高低直接影响到份额净值的数量，从而直接和份额持有人的利益挂钩。而按照现行的《基金法》，托管人仅能在数值复核上可对管理人进行监督，而无法在管理人外包业务选择上，对其进行监督，何况，在费用的列支上，托管人也是费用列支的受益者之一，在费用的列支监督上所能发挥的作用必定是有限的。
关于费用列支规制的途径有二条：基金持有人大会对于费用列支的确定;在建立信托人制度后，由信托人与各服务承包商协定而成。前者的优点在于，其可以最普遍的代表份额持有者的利益，但缺点也是很显然的，持有人大会的召集举行需要耗费很大的人力物力，而且《基金法》规定，第一召集义务人为管理人，第二召集义务人是托管人，第三召集义务人是持有份额达到10%的持有人。中小份额持有者，在管理人，托管人以及高份额持有人面前，处于明显的弱势地位。
如此更进一步滋长了管理公司和高份额持有者以及托管人之间的内幕交易，灰色交易。而信托人制度下，基金信托人能按照信托合同的约定(即基金合同的约定)在所有份额持有人的授权下，对费用列支进行规制和合理的衡量。SEC(美国证券交易协会)主席亚瑟雷威总结董事对于基金费用水准的责任时说：“董事们不必保证基金所支付的费用是最低的。但是他们必须确保该费用在一定的合理范围之内。”
这里的基金董事是基金公司制下，证券投资基金的决策组织，行使基金业绩评价、合同批准、费用批准、基金单位的定价、以及监督投资组合管理和合规性等职权，而在契约制下，这一组织即为基金信托人。因此，基金信托人在费用批准领域，对于保护广大投资者(份额持有人)，起着决定性的作用。而且由于信托人会议可以在一年中多次召开，如果遇到重大决策问题也可以召开紧急会议，所以运作成本远远低于召集一次持有人大会所需花费的成本。
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