辅导期的一般纳税人和正式认定一般纳税人相比不同的情况有：
一、增值税专用发票抵扣的规定是自开票之日起90天内抵扣，并且必须在认证的当月抵扣。辅导期一般纳税人对收取的增值税专用发票实行“先比对，后抵扣”，“先比对，后抵扣”是指辅导期一般纳税人企业取得的增值税进项发票认证后，先通过防伪税控系统将认证信息上传至总局进行比对，总局比对结束后将比对结果下发各省市，各主管国税局将比对无误的信息通知辅导期一般纳税人企业进行抵扣(一般在认证的次月收到比对结果)。
帐务处理：在应交税金科目下增设“待抵扣进行税额”二级科目。
企业认证后
借：库存商品(或其他相关科目)
借：应交税金-待抵扣进行税额
贷：银行存款(或其他相关科目)
收到比对结果后
借：应交税金-应交增值税(进项税额)
贷：应交税金-待抵扣进行税额
对于等待比对结果的进行税额部分,计入“待抵扣进项税额”，并在增值税申报表附表二第24栏“本期认证相符但未申报抵扣”内填写此行内容。
收到允许抵扣的比对结果后，在增值税申报表附表二第3栏“前期认证相符且本期申报抵扣”内填写此内容。
相关行次的关系23行+24行-25行=3行
二、辅导期一般纳税人增值税发票月使用量为25份，且为千元版(单份价款最高开具9999.99元)，如果25份的月使用量不够，增票时要按当月已开具增值税发票价款的合计数依4%的征收率预交增值税。
另外辅导期半年，期满后符合标准的转为正式的一般纳税人。
发票抵扣即增值税抵扣：应交的税费=销项税-进项税。
抵扣的项目允许其抵扣额不是在税前的利润中减掉，理解这个问题，得明白什么是增值税，我国从1994年税制进行改革，实行增值税体制。企业销售货物和应税劳务，都要按着一定的税率交纳税款。有17%的，有13%的，有6%的等等，这就是增值税的销项税。
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