行政诉讼证明标准并不是统一适用一个标准，而是根据行政行为的种类、行政案件的性质及对当事人权益影响的大小等因素，具体确定案件的证明标准。具体说来，行政诉讼证明标准主要有以下三种类型：
一、明显优势证明标准——一般的标准
明显优势证明标准是指在行政诉讼中，法庭按照证明效力具有明显优势的一方当事人提供证据认定案件事实的证明标准。适用明显优势证明标准应当符合下列两项要求：
第一，双方当事人提供的证据相比较，一方当事人提供的证据具有较大的优势。这就是说，双方当事人对同一事实举出的证据相反，但却都无法否定对方证据的情况下，由法庭对双方当事人证据的证明效力进行比较和衡量。如果一方当事人提供的证据的证明效力明显较另一方具有较大的优势，则可以认为具有较大优势的证据更易获得法庭的支持。“较大的优势”意味着在行政案件中，在显明的客观事实无法查清或者根本不可能查清的情况下，法庭通过法定程序，依据非显明的事实对证据的证明效力作出合理判断。
这里的“优势”是指对事实的证明要达到50％以上的程度；而“较大的优势”体现为一方当事人证明的案件事实的可能性与另一方当事人之间存在差额，一般要求主张事实的当事人提供的证据的证明力需要明显大于对方。而何为“明显大于对方”则没有一个量化的标准，例如，证据的优势不能仅仅以证人的数量认定，而应当根据所有证据中更有分量的证据认定，双方当事人了解证据的机会、拥有的信息、作证时的言行举止都是认定证人证言的根据。所以，法庭必须依据法律程序，通过对行政案件的性质、案件的情节、对双方当事人权益的影响、在当地的社会影响等因素综合加以判断，进行合理的推定，作出适当的裁判。
第二，该优势足以使法庭确信其主张的案件事实真实存在，或者更具有真实存在的可能性。这是对“优势”的具体要求。这里的“优势”必须使法庭确信有两种情形存在。第一种是其主张的案件事实真实存在。此处的“案件事实”一般是指“客观真实”或称“事实真实”。法庭在案件的审理中，首先应当查明确凿或显明的证据，并加以确定，进而依据确凿或显明的证据来揭示案件的事实真相。案件事实真实存在是司法证明的终极目标。在实践中，能够达到客观真实的情况存在但并不普遍，而更多的是“当事人提供的证据的优势更具有真实存在的可能性”，这是第二种情形。“可能性”又称“盖然性”，是指法庭从当事人提供的证据中，虽然尚未形成案件事实必定如此的确信，但在内心中形成了事实极有可能或者非常可能如此的判断。在行政诉讼中，当事人的举证如果不能使法庭确信其主张的案件事实真实存在，但如果能够使法庭确信此种案件事实的存在具有高度的概率，法庭即应认定该事实。
二、优势证明标准——接近民事诉讼证明标准的中间标准
所谓优势证明标准是指在行政诉讼中，法庭按照证明效力占优势的一方当事人提供的证据认定案件事实的证明标准。此种证明标准一般适用于涉及财产权或者人身权的行政裁决案件。
行政裁决是指行政主体以公断人的身份裁决两造之间发生的民事纠纷的行政行为。此种行政行为具有准司法活动的特点。正因为行政裁决的客体是民事纠纷而非行政争议，所以在民事诉讼中采用的优势证明标准在行政裁决案件中具有充分的可行性。这里的“优势”是指一方当事人提供的证据较另一方当事人提供的证据更有说服力和证明力。这里的“优势”并不是指证据本身的分量而是证据分量的差额，这里的差额值必须大于零。一方当事人提供证据的证明效力及其证明的案件事实比另一方更具有可能性、相应的诉讼主张成立的理由更充分，则其证据证明的效力更占优势。优势证明标准一般是民事诉讼中适用的证明标准，在行政诉讼中适用此标准的主要原因是作为行政诉讼的客体的具体行政行为具有多样性，既有公权力色彩较浓的单方行政行为，也有公权力色彩较淡的双方或多方行政行为。正因为后者更多的渗透了当事人的意志（即意思自治），所以在诉讼中采用的证明标准更加类似和接近民事诉讼。但是行政诉讼毕竟是不同于民事诉讼的司法活动，其证明标准在相当程度上要高于民事诉讼。这是因为虽然行政裁决的客体是民事纠纷，但是行政诉讼审查的是行政裁决这种行政行为的合法性，这时的民事纠纷已非单纯地进入民事诉讼的民事纠纷，而是经过了公权力作用的民事纠纷，所以其证明标准比同等情况下进入民事诉讼的证明标准更高一些。但是要注意的是，在行政诉讼中，证明方一般是作为被告的行政机关与民事纠纷双方当事人；而在民事诉讼中却是民事纠纷的双方当事人。这也是导致证明标准高低的重要原因。
三、排除合理怀疑标准——接近刑事诉讼证明标准的行政诉讼证明标准
排除合理怀疑标准是刑事诉讼中适用的证明标准。这里的“怀疑”是一种两可或多可的意识状态，具有正常理智的人、一般的人在选择其中一种时不能排除其他种的可能性和可行性。“合理”是指怀疑需有理由而非纯粹出于想像或幻想。在行政诉讼中适用排除合理怀疑标准的主要原因是，行政行为本身是一个多层次、多角度的行政手段，既包括具有一般行政行为特点的行政处理行为，也包括接近于民事行为的双方合意行为，甚至还包括一些比刑事制裁更为严厉的行政行为，例如劳动教养作为公安机关的行政职能，最多可以限制公民的人身自由达三年之久，比刑罚中的罚金、管制、拘役都更为严厉。所以在行政诉讼中除了适用明显优势证明标准这一一般标准外，还应当适用排除合理怀疑标准。
在适用排除合理怀疑标准时有一个限制性的条件，即必须是对行政相对人人身或者财产权益有重大影响。这个条件有两个要求：
第一，必须对行政相对人的人身或者财产权益有影响。如果是对人身权和财产权以外的权益则仍然不能满足此条件，例如受教育权、劳动权、社会保障权和政治权利等不在此限。事实上，人身权和财产权是目前我国公民权利中最需要有力保障的权利，也是目前行政机关对行政相对人的权利影响最大、最重要的方面。这是它的范围条件。
第二，行政案件必须对行政相对人人身或者财产权益有重大影响，这是其深度条件。正因为行政行为对行政相对人的人身和财产权益有“重大影响”，这种重大影响的权益接近于刑事诉讼法保护的公民的权益，所以获得了如同公民在刑事诉讼中的保护。
在行政诉讼中排除合理怀疑标准包括两方面的内容：（一）案件主要事实均有相应的事实证明，这是对证据量的要求。所有涉及案件的主要事实均能被证据所证明，案件的主要事实是法院认证的关键内容，主要事实均能证明意味着主观认识与客观实际相一致。（二）证据之间及证据与案件事实之间没有矛盾，或者虽有矛盾但能够合理排除，这是排除合理怀疑标准的质的要求。我国行政诉讼的基本目的之一是保障公民、法人或其他组织的合法权益，这种合法的权益是有轻重缓急之分的。限制人身自由的行政处罚或强制措施、责令停产停业和吊销证照等行政行为对行政相对人人身或者财产权益的影响较之于其他行政行为就非常重大。所以对此种证据设定了上述严格的证明标准，这是符合保障人权的时代潮流的。
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