总体上是没有什么大的影响，但是如果单位没有按时为你进行调级和调薪，养老保险的缴费基数和正常上班的职工有差距，对养老金还是有一定影响的。
事业单位停薪留职是上世纪90年代最为流行的方式，我在90年代初也是办理过停薪留职手续的，后来由于政策不允许继续停薪留职了，没有办法自己只好辞职离开原来的机关。你到现在还能长期停薪留职是非常幸运的，这说明你们单位的领导对你格外关照，到现在还允许你长期停薪留职，也说明你在停薪留职期间事业发展比较顺。停薪留职对你有好处。既然通过停薪留职已经得到了好处，那么退休前回单位上班，今后养老金受点影响也是可以接受的，毕竟不能所有的好事情都让你一个人占了，这对单位其他职工不公平。
退休后的养老金待遇高低，主要是根据缴费年限、缴费基数、个人账户余额、所在地职工社会平均工资、城镇人口预期平均寿命等因素来确定。如果在停薪离职期间，原单位在2014年10月1日以后，按照你的档案工资为你按时缴纳了养老保险，按时缴纳了职业年金，为你定期调整职级待遇和工资等级待遇，并按照新的职级工资待遇缴纳养老保险和职业年金，你在退休后的养老金待遇是不受任何影响的。
但是很多单位在对待停薪留职人员时，其管理办法是不一样的，有的单位虽然同意了你停薪留职，但是认为你离开后，工作需要其他同志来承担，在编制有限的情况下，你还要占着单位的编制，享受着单位的职工待遇，心里多少有点不平衡，所以在调职调薪时难免会后受到一些影响，再加上由于你是办理了停薪留职的人员，劳动关系还在用人单位，但用人单位不会为你承担单位缴纳部分的养老保险等五险一金的费用，即使由用人单位按照在职职工的方式来缴纳，但这部分费用还是需要你个人来承担，所以缴纳的保险费用可能与在单位正常上班时相比，基数还是要低一些，这对养老金的影响还是比较大的。职业年金部分，由于用人单位缴纳的比例是8%，个人缴纳部分是4%，你作为停薪留职人员，这12%的职业年金费用都应该由你来全部承担，如果你没有承担的，退休后也就无法享受职业年金。
事业单位缴纳住房公积金的比例都是比较高的，按照停薪留职的协议，用人单位也是不会为你承担住房公积金的缴纳的，也会要求你来全额承担住房公金的缴纳费用，单位缴费加个人缴费，每月的缴费金额还是比较高的，所以这一块的损失也是比较大的，缴费是你全部承担，不缴相当于你没有住房公积金，所以交不交你都是有损失的。
综上所述，事业单位长期停薪留职人员，退休前几年回去上班，对于退休后的待遇多少还是有一定的损失，主要表现在停薪留职期间的缴费基数、职业年金和住房公金等方面。如果退休前几年回去上班，有助于减少停薪留职期间的差距，但和没有办理过停薪留职的人员相比，多少还是有一定的损失。
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