投标保证金被公司挪用的可以与公司协商归还并用作保证金；公司不退还的，可以向法院起诉，申请财产保全，但需向法院提交担保；另外如果发包方挪用投标保证金不归还给投标人的，数额达到较大的，构成挪用资金罪，还需要承担刑事责任。
相关法规
《中华人民共和国招标投标法实施条例》第二十六条
招标人在招标文件中要求投标人提交投标保证金的，投标保证金不得超过招标项目估算价的2%。
投标保证金有效期应当与投标有效期一致。
依法必须进行招标的项目的境内投标单位，以现金或
者支票形式提交的投标保证金应当从其基本账户转出。
《中华人民共和国刑法》第二百七十二条
公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的，处三年以下有期徒刑或者拘役；挪用本单位资金数额巨大的，或者数额较大不退还的，处三年以上十年以下有期徒刑。
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