1、人民检察院在审查起诉中决定自行侦查的,应当在审查起诉期限内侦查完毕。
2、人民检察院对已经退回侦查机关二次补充侦查的案件,在审查起诉中又发现新的犯罪事实的,应当移送侦查机关立案侦查;对已经查清的犯罪事实,应当依法提起公诉。
3、对于在审查起诉期间改变管辖的案件,改变后的人民检察院对于符合刑事诉讼法第一百七十一条第二款规定的案件,可以通过原受理案件的人民检察院退回原侦查的公安机关补充侦查,也可以自行侦查。
改变管辖前后退回补充侦查的次数总共不得超过二次。
4、人民检察院对于移送审查起诉的案件,应当在一个月以内作出决定;重大、复杂的案件,一个月以内不能作出决定的,经检察长批准,可以延长十五日。
人民检察院审查起诉的案件,改变管辖的,从改变后的人民检察院收到案件之日起计算审查起诉期限。
综上所述,侦查完毕,重新计算起诉期限,对二次补充侦查的案件,发现新的犯罪事实的,应当立案侦查,对已经查清的犯罪事实,应当提起公诉。